Help for package ciecl

Title:

International Classification of Diseases 'ICD-10'/'ICD-11' for Chile

Version:

0.9.6

Description:

Tools for working with the International Classification of Diseases ('ICD-10' Chile official 'MINSAL'/'DEIS' v2018). Includes optimized 'SQL' search with 'SQLite', fuzzy matching of medical terms ('Jaro-Winkler'), Charlson and Elixhauser comorbidity calculation, 'WHO' 'ICD-11' 'API' integration, and hierarchical code validation. Data from Centro FIC Chile 'DEIS' https://deis.minsal.cl/centrofic/.

License:

MIT + file LICENSE

Encoding:

UTF-8

LazyData:

true

RoxygenNote:

7.3.2

Depends:

R (≥ 4.1.0)

Imports:

DBI, RSQLite, stringdist, stringr, dplyr, tibble, tools, utils

Suggests:

comorbidity, gt, httr2, readxl, usethis, withr, writexl, testthat (≥ 3.1.5), knitr, litedown (≥ 0.9), rmarkdown

VignetteBuilder:

knitr

URL:

https://rodotasso.github.io/ciecl/, https://github.com/RodoTasso/ciecl

BugReports:

https://github.com/RodoTasso/ciecl/issues

Config/testthat/edition:

Config/Needs/website:

pkgdown

Language:

en, es

NeedsCompilation:

Packaged:

2026-04-19 00:45:44 UTC; tassu

Author:

Rodolfo Tasso Suazo

[aut, cre]

Maintainer:

Rodolfo Tasso Suazo <rtasso@uchile.cl>

Repository:

CRAN

Date/Publication:

2026-04-19 14:30:02 UTC

ciecl: International Classification of Diseases 'ICD-10'/'ICD-11' for Chile

Description

Author(s)

Maintainer: Rodolfo Tasso Suazo rtasso@uchile.cl (ORCID)

Dataset CIE-10 Chile oficial MINSAL/DEIS v2018

Description

Dataset CIE-10 Chile oficial MINSAL/DEIS v2018

Usage

cie10_cl

Format

tibble con 39,877 filas (categorias y subcategorias):

codigo: Codigo CIE-10 (ej. "E11.0")
descripcion: Diagnostico en espanol chileno
categoria: Categoria jerarquica
seccion: Seccion dentro del capitulo
capitulo_nombre: Nombre descriptivo del capitulo
inclusion: Terminos incluidos
exclusion: Terminos excluidos
capitulo: Capitulo CIE-10 (A-Z)
es_daga: Logical, codigo daga (+)
es_cruz: Logical, codigo asterisco (*)

Source

https://deis.minsal.cl/centrofic/

Examples

data(cie10_cl)
head(cie10_cl)

Limpiar cache SQLite (forzar rebuild)

Description

Limpiar cache SQLite (forzar rebuild)

Usage

cie10_clear_cache()

Value

No return value, called for side effects (deletes SQLite cache).

Examples

# Ver ubicacion del cache
tools::R_user_dir("ciecl", "data")


cie10_clear_cache()  # Elimina cie10.db local

Cerrar conexion pooled SQLite

Description

Cierra la conexion reutilizable al archivo SQLite. Util para liberar el lock del archivo .db.

Usage

cie10_disconnect()

Value

No return value, called for side effects.

Examples

# Verificar si hay conexion activa
is.null(ciecl:::.ciecl_env$con)


cie10_disconnect()

Ejecutar consultas SQL sobre CIE-10 Chile

Description

Ejecutar consultas SQL sobre CIE-10 Chile

Usage

cie10_sql(query, close = TRUE)

Arguments

query

String SQL valido SQLite (SELECT/WHERE/JOIN)

close

Deprecated. Ignorado — la conexion es pooled y se gestiona automaticamente. Sera eliminado en una version futura.

Value

tibble resultado query

Examples

# Buscar diabetes
cie10_sql("SELECT codigo, descripcion FROM cie10 WHERE codigo LIKE 'E11%'")


# Contar por capitulo
cie10_sql("SELECT capitulo, COUNT(*) n FROM cie10 GROUP BY capitulo")

Buscar codigos CIE-11 via API OMS

Description

Buscar codigos CIE-11 via API OMS

Usage

cie11_search(
  texto,
  api_key = NULL,
  lang = "es",
  max_results = 10,
  release = "2024-01"
)

Arguments

texto

String termino busqueda espanol/ingles

api_key

String opcional, Client ID + Secret OMS separados ":" Obtener en: https://icd.who.int/icdapi

lang

Character, idioma respuesta ("es" o "en")

max_results

Integer, maximo resultados (default 10)

release

Character, version de release CIE-11 a consultar (default "2024-01"). Ver releases disponibles en la API OMS.

Value

tibble con codigos CIE-11 + titulos o vacio si error

Examples

# Ver parametros disponibles
args(cie11_search)


# Requiere credenciales OMS gratuitas (https://icd.who.int/icdapi)
Sys.setenv(ICD_API_KEY = "client_id:client_secret")
cie11_search("depresion mayor")

Calcular comorbilidades Charlson/Elixhauser para Chile

Description

Calcular comorbilidades Charlson/Elixhauser para Chile

Usage

cie_comorbid(data, id, code, map = c("charlson", "elixhauser"), assign0 = TRUE)

Arguments

data

data.frame con columnas id paciente + codigos CIE-10

id

String nombre columna identificador paciente

code

String nombre columna con codigos CIE-10 (uno por fila)

map

Character, esquema comorbilidad ("charlson" o "elixhauser")

assign0

Logical, asignar 0 si sin comorbilidad (default TRUE)

Value

data.frame ancho con scores comorbilidad por paciente

Examples

# Ver documentacion de parametros
args(cie_comorbid)


df <- data.frame(
  id_pac = c(1, 1, 2, 2),
  diag = c("E11.0", "I21.0", "C50.9", "E10.9")
)
cie_comorbid(df, id = "id_pac", code = "diag", map = "charlson")

Expandir codigo jerarquico (ej. E11 -> E11.0-E11.9)

Description

Expandir codigo jerarquico (ej. E11 -> E11.0-E11.9)

Usage

cie_expand(codigo)

Arguments

codigo

String codigo padre (ej. "E11")

Value

Character vector con todos los codigos hijos del codigo padre. Vector vacio si el codigo no existe en la base de datos.

Examples

cie_expand("E11")

Guia de funciones de busqueda CIE-10

Description

Muestra tabla comparativa de cuando usar cada funcion de busqueda.

Usage

cie_guia_busqueda()

Value

tibble con guia comparativa de funciones de busqueda

Examples

cie_guia_busqueda()

Busqueda exacta por codigo CIE-10

Description

Busqueda exacta por codigo CIE-10

Usage

cie_lookup(
  codigo,
  expandir = FALSE,
  normalizar = TRUE,
  descripcion_completa = FALSE,
  extract = FALSE,
  check_siglas = FALSE
)

Arguments

codigo

Character vector de codigos (ej. "E11", "E11.0", c("E11.0", "Z00")) o rango (ej. "E10-E14"). Acepta vectores. Soporta formatos: con punto (E11.0), sin punto (E110), o solo categoria (E11).

expandir

Logical, expandir jerarquia completa (default FALSE)

normalizar

Logical, normalizar formato de codigos automaticamente (default TRUE)

descripcion_completa

Logical, agregar columna descripcion_completa con formato "CODIGO - DESCRIPCION" (default FALSE)

extract

Logical, extraer codigo CIE-10 de texto con prefijos/sufijos (default FALSE). IMPORTANTE: Solo usar con codigo ESCALAR (longitud 1). Ejemplo: "CIE:E11.0" -> "E11.0", "E11.0-confirmado" -> "E11.0". Para vectores multiples usar extract=FALSE (default).

check_siglas

Logical, buscar siglas medicas comunes (default FALSE). Ejemplo: "IAM" -> I21.0 (Infarto agudo miocardio)

Value

tibble con codigo(s) matcheado(s)

Examples

# Busqueda directa por codigo
cie_lookup("E11.0")


cie_lookup("E110")        # Sin punto
cie_lookup("E11")         # Solo categoria
cie_lookup("E11", expandir = TRUE)  # Todos E11.x
# Vectorizado - multiples codigos y formatos
cie_lookup(c("E11.0", "Z00", "I10"))
# Con descripcion completa
cie_lookup("E110", descripcion_completa = TRUE)
# Extraer codigo de texto con ruido (solo codigo escalar)
cie_lookup("CIE:E11.0", extract = TRUE)
cie_lookup("E11.0-confirmado", extract = TRUE)
# Buscar por siglas medicas
cie_lookup("IAM", check_siglas = TRUE)
cie_lookup("DM2", check_siglas = TRUE)

Mapeo manual grupos comorbilidad Chile-especifico

Description

Agrupa codigos CIE-10 chilenos en categorias comorbilidad MINSAL. Basado en Decreto 1301/2016 MINSAL + icd::icd10_map_charlson.

Usage

cie_map_comorbid(codigos)

Arguments

codigos

Character vector codigos CIE-10

Value

tibble con codigo + categoria_comorbilidad

Examples

cie_map_comorbid(c("E11.0", "I50.9", "C50.9"))

Normalizar codigos CIE-10 a formato con punto

Description

Convierte codigos CIE-10 de diferentes formatos al formato estandar (con punto). Maneja multiples variaciones de entrada comunes en datos clinicos.

Usage

cie_normalizar(codigos, buscar_db = TRUE)

Arguments

codigos

Character vector de codigos en cualquier formato

buscar_db

Logical, buscar codigo en base de datos si no se encuentra exacto (default TRUE)

Details

La normalizacion incluye:

Conversion a mayusculas
Eliminacion de espacios (inicio, fin e internos)
Eliminacion de simbolos daga y asterisco (codificacion dual)
Conversion de guiones a puntos (I10-0 -> I10.0)
Eliminacion de puntos iniciales (.I10 -> I10)
Correccion de puntos multiples (E..11 -> E.11)
Eliminacion de sufijo X en codigos cortos (I10X -> I10)
Preservacion de X en codigos largos (placeholder 7o caracter)
Agregado de punto en posicion correcta (E110 -> E11.0)

El sistema de daga/asterisco indica codificacion dual donde la daga marca la enfermedad subyacente y el asterisco la manifestacion. Ambos simbolos se eliminan para normalizacion.

Value

Character vector con codigos normalizados al formato con punto

Examples

cie_normalizar("E110")     # Retorna "E11.0"
cie_normalizar("E11")      # Retorna "E11" (categoria)
cie_normalizar("I10X")     # Retorna "I10" (elimina X)
cie_normalizar("E 11 0")   # Retorna "E11.0" (espacios internos)
cie_normalizar("I10-0")    # Retorna "I10.0" (guion a punto)
cie_normalizar("A17.0\u2020") # Retorna "A17.0" (elimina daga)
cie_normalizar("G01*")     # Retorna "G01" (elimina asterisco)
cie_normalizar(c("E110", "I10X", "Z00"))  # Vectorizado

Busqueda difusa (fuzzy) de terminos medicos CIE-10

Description

Busca en descripciones CIE-10 usando multiples estrategias:

Expansion de siglas medicas (IAM, TBC, DM, etc.)
Busqueda exacta por subcadena (mas rapida)
Busqueda fuzzy con Jaro-Winkler (tolera typos)

Usage

cie_search(
  texto,
  threshold = 0.7,
  max_results = 50,
  campo = c("descripcion", "inclusion"),
  solo_fuzzy = FALSE,
  verbose = TRUE
)

Arguments

texto

String termino medico en espanol o sigla (ej. "diabetes", "IAM", "TBC")

threshold

Numeric entre 0 y 1, umbral similitud Jaro-Winkler (default 0.70)

max_results

Integer, maximo resultados a retornar (default 50)

campo

Character, campo busqueda ("descripcion" o "inclusion")

solo_fuzzy

Logical, usar solo busqueda fuzzy sin busqueda exacta (default FALSE)

verbose

Logical, mostrar mensajes informativos (default TRUE). Usar FALSE en scripts.

Details

La busqueda es tolerante a tildes: "neumonia" encuentra "neumonia". Soporta siglas medicas comunes: "IAM" busca "infarto agudo miocardio".

Value

tibble ordenado por score descendente (1.0 = coincidencia exacta). Si el texto corresponde a una sigla medica, se expande automaticamente antes de buscar.

Examples

# Busqueda basica
cie_search("diabetes")


cie_search("neumonia")

# Busqueda por siglas medicas
cie_search("IAM")
cie_search("DM2")

# Tolerante a tildes y typos
cie_search("diabetis")

# Buscar en inclusiones
cie_search("bacteriana", campo = "inclusion")

Listar siglas medicas soportadas

Description

Muestra todas las siglas medicas que pueden usarse en cie_search().

Usage

cie_siglas(categoria = NULL)

Arguments

categoria

Character opcional, filtrar por categoria. Valores validos: "cardiovascular", "respiratoria", "metabolica", "gastrointestinal", "infecciosa", "oncologica", "reumatologica", "neurologica", "psiquiatrica", "traumatologica", "pediatrica", "gineco_obstetrica". Si es NULL (default), retorna todas las siglas.

Value

tibble con columnas: sigla, termino_busqueda, categoria

Examples

# Ver todas las siglas
cie_siglas()

# Filtrar por categoria
cie_siglas("cardiovascular")
cie_siglas("oncologica")

# Buscar una sigla especifica
cie_siglas() |> dplyr::filter(sigla == "iam")

Generar tabla HTML interactiva GT de codigo CIE-10

Description

Generar tabla HTML interactiva GT de codigo CIE-10

Usage

cie_table(codigo)

Arguments

codigo

String codigo (ej. "E11" muestra jerarquia)

Value

Objeto de clase gt_tbl (tabla HTML interactiva)

Examples

# Requiere paquete gt
requireNamespace("gt", quietly = TRUE)


cie_table("E11")  # Diabetes tipo 2 completo

Validar vector de codigos CIE-10 formato

Description

Validar vector de codigos CIE-10 formato

Usage

cie_validate_vector(codigos, strict = FALSE)

Arguments

codigos

Character vector codigos (ej. c("E11.0", "Z00.0"))

strict

Logical, validar existencia en DB (default FALSE)

Value

Logical vector de la misma longitud que codigos. TRUE si el codigo tiene formato CIE-10 valido (y existe en DB si strict = TRUE).

Examples

cie_validate_vector(c("E11.0", "INVALIDO", "Z00"))

ciecl: International Classification of Diseases 'ICD-10'/'ICD-11' for Chile

Description

Author(s)

See Also

Dataset CIE-10 Chile oficial MINSAL/DEIS v2018

Description

Usage

Format

Source

Examples

Limpiar cache SQLite (forzar rebuild)

Description

Usage

Value

See Also

Examples

Cerrar conexion pooled SQLite

Description

Usage

Value

See Also

Examples

Ejecutar consultas SQL sobre CIE-10 Chile

Description

Usage

Arguments

Value

See Also

Examples

Buscar codigos CIE-11 via API OMS

Description

Usage

Arguments

Value

See Also

Examples

Calcular comorbilidades Charlson/Elixhauser para Chile

Description

Usage

Arguments

Value

See Also

Examples

Expandir codigo jerarquico (ej. E11 -> E11.0-E11.9)

Description

Usage

Arguments

Value

See Also

Examples

Guia de funciones de busqueda CIE-10

Description

Usage

Value

See Also

Examples

Busqueda exacta por codigo CIE-10

Description

Usage

Arguments

Value

See Also

Examples

Mapeo manual grupos comorbilidad Chile-especifico

Description

Usage

Arguments

Value

See Also

Examples

Normalizar codigos CIE-10 a formato con punto

Description

Usage

Arguments

Details

Value

See Also

Examples

Busqueda difusa (fuzzy) de terminos medicos CIE-10

Description